Sotto il regno di Federico III di Aragona, essendo l’Isola “travagliata da stragi, guerre intestine e pestilenze”, si crearono le cosiddette capitanie a guerra nelle città demaniali e, nella vicina Patti, venne nominato capitano Bonifacio Aragona e, successivamente, Vinciguerra d’Aragona che, come premio per i servigi prestati, ottenne dal re la capitania a vita di Patti ed il diritto di costruire torri e fortezze per concentrarvi intorno comunità contadine. A Gioiosa Guardia, infatti, costruì un castello (oggi in stato di secolare abbandono) ed una torre in un luogo “tutto di pietra calcare massiccia”, ove sorse l’Oppidum Guardiae Jujusae (per i latini città fortificata). 

L’importanza di Jujusa Guardia era magnificata dalla sua posizione: “a ciel sereno dominava un orizzonte immenso che spaziava dalle Eolie (specie Vulcano e Lipari) all’Aspromonte di Calabria e al Capo di Messina, dall’Isola di Ustica a Capo Gallo a Palermo e al Monte Pellegrino e dalle Madonie all’Etna”. Nel 1544 il famoso pirata Ariadeno Barbarossa la saccheggiò, asportando, per poi fonderle e farne cannoni, le campane. Cominciò (come in tutta la Sicilia) la costruzione, nei punti nevralgici della costa, di torri di avvistamento. Fra esse ricordiamo quelle di Ciappe di Tono e di San Giorgio, dove esistevano comunità di pescatori, e quella di Calavà, costruite, per lo più, da Camillo Camilliani e Tiburzio Spannocchi. Nel XVII secolo, a causa dell’incremento demografico e del fiorire di numerose confraternite, la cittadina si dota della nuova Chiesa di Santa Maria delle Grazie (un tempo Chiesa del Giardino) e, intorno al 1650 conta oltre dieci edifici religiosi intra et extra moenia (tra cui l’Oratorio dedicato a San Filippo Neri) con una popolazione di 2679 abitanti, ben superiore a quella della stessa Patti, con cui si contende la baronia vescovile. Ma la vecchia lite sul baronato si conclude, a delega di Carlo III di Borbone, con la condanna nel 1738 di Giojosa a pagare al vescovo di Patti le decime sul vino, sull’olio, sui gelsi, sulle ghiande, sui frumenti e a riconoscere il vescovo di Patti come signore di tutte le proprietà.

In quell‘epoca l’oratorio di San Filippo Neri conosce un insperato splendore: a magnificare la preziosità degli oggetti censiti, a Guardia si crearono sculture di grande maestria come una sedia presidenziale “riccamente decorata da efflorescenze” e videro luce, soprattutto, i dipinti di Olivio Sozzi che tuttora adornano le chiese gioiosane e del suo comprensorio. Nel XVIII secolo ha inizio il lento esodo da Gioiosa Guardia verso le aree collinari sottostanti e verso la costa. Un terremoto di notevole intensità colpì Guardia la sera del 5 febbraio del 1783, alle 19,00: tutte le case furono lesionate e la gran parte definita pericolante. Era il quarto terremoto in mezzo secolo mentre, l’anno dopo, nel 1784 grandi invasioni di cavallette distrussero il raccolto provocando una grave e penosa carestia.

A seguito degli ingenti danni Jojusa Guardia venne esentata per quindici anni dal pagamento delle imposte al fine di favorire la ricostruzione post-sisma. Fu così che la popolazione, provata da dolorose perdite e atterrita dai frequenti fenomeni sismici che sconvolsero la costituzione geomorfologica del territorio in seguito a frane e smottamenti, decise su consiglio dei più anziani e dei rappresentanti più evoluti della Civica Amministrazione di ricostruire Gioiosa. La popolazione portò con se tutto ciò che poteva essere trasportato ma, assai presto, sorsero dissidi per la scelta del nuovo sito: Ciappe di Tono (l’odierna Gioiosa Marea) o contrada Cicero (l’odierna San Giorgio di Gioiosa Marea)? Prevalse, democraticamente, la prima scelta. Non tutta la popolazione, però, scese a mare, parte rimase nelle campagne dove aveva la terra dando vita alle innumerevoli contrade che caratterizzano il territorio gioiosano.

Gli ultimi abitanti lasciarono Giojosa Guardia nel 1813, ma già l’ordine reale che vietava le riunioni della deputazione a Guardia è datato 29 aprile 1797. Da allora il vecchio abitato di Gioiosa Guardia risulta disabitato e può essere considerato a tutti gli effetti una delle rare città fantasma siciliane. La nuova Gioiosa si ricostruì con materiali, pietre e financo criteri urbanistici della vecchia, pur nell’ovvio rispetto della diversa disposizione territoriale che dovette, innanzitutto, tener conto del mare. Si riprodusse, infatti, di pari la suddivisione in quattro quartieri che furono quelli di San Nicolò, Madonna delle Grazie, Catena e San Giovanni Battista a Gioiosa Guardia e che divennero i quartieri della Catena, di Santa Maria, San Nicola e Convento a Gioiosa Marea. Nel lento corso dei decenni si trasferirono gran parte degli edifici religiosi e civili di Guardia (l’Oratorio di Sant’Ignazio di Loyola, la Chiesa e l’Oratorio di Sant’Anna, ilPalazzo Forzano) e iniziarono i lavori per le nuove costruzioni. La gaginiana statua della vetusta protettrice Santa Maria delle Nevi fu posta nella Chiesa di Santa Maria delle Grazie.

Lo spostamento della statua del santo patrono San Nicola di Bari fu l’evento più importante per tutta la comunità gioiosana di quel periodo e avvenne nell’Ottava di Pasqua del 1797. Carl Grass, viaggiatore tedesco, nel 1804, descrive la fiumara di Gioiosa, gli incanti delle sue colture, la bontà dei fichi locali. Nel 1812, dopo la ripartizione dell’Isola nelle tre Valli: Demone, di Noto e di Mazara (Vallis Deminae, Terra Notensium, Vallis Mazariae) e la messa in vigore della nuova Costituzione, finalmente Gioiosa non dovette più pagare contributi al vescovo, né avere capitani di giustizia, giurati e sindaci eletti dal barone. Intorno al 1820, il paese incomincia ad avere vita. Nel 1825 si censiscono 3535 abitanti e monsignor Gatto si lamenta del “moralmente critico” stato in cui versa la condizione spirituale della popolazione. Nel 1842, grazie al contributo di fedeli e di re Ferdinando II di Borbone s’iniziò la costruzione della nuova matrice e si costruì un orologio pubblico (collocato nella torre campanaria nel 1902). Intorno al 1848, anno di moti popolari (nella vicina Palermo e in buona parte d’Europa) la banda musicale gioiosana ètra le più importanti del comprensorio. Tra il 1850 e il 1857 si costruisce la strada provinciale (l’odierna Strada statale 113 Settentrionale Sicula) che, in prossimità di Gioiosa, vuole dire la perforazione dell’imponente impianto granitico-pegmatico della Rocca di Calavà (nel 1864) unico, di tal genere, nell’Isola con pareti a strapiombo sul mare alte fino a 137 metri.

L’impresa dei Mille accende gli animi della popolazione (banda cittadina in testa) tanto che, per mantenere l’ordine pubblico, s’istituì a Gioiosa una Guardia Nazionale volontaria. Di quegli anni restano tracce in contrada Calavà dove un muro (il Muro di Garibaldi) testimonia l’appoggio della cittadinanza gioiosana alla causa garibaldina. Annessa l’Isola al nuovo regno, a Gioiosa le persone “più ragguardevoli” si munirono di un locale adatto per leggere, conversare, giocare: lo si volle chiamare Roma Redenta (1865).

Nello stesso periodo, a fare da contraltare, sorse anche una Società Operaia. La cittadina si fornì, poi, di un acquedotto, di un teatrino e vi era un piccolo scalo marittimo utile per l’esportazione della seta. A Gioiosa vi erano, infatti, ampie aree coltivate a gelsi in zona “Favara” per l’alimentazione dei bachi. S’iniziò ad alternare la coltura delle piante di limone, di arancio, della vite e dell’ulivo. Abbondava il “minuto commercio” deigeneri di consumo, pur non mancando quelli che muovevano “capitali di non poca entità”. A cavallo tra XIX e XX secolo, attraverso l’operato di tre importanti personalità cittadine (il sindaco Giuseppe Natoli Gatto, l’arciprete don Emanuele Barbera e il sindaco Giuseppe Prestipino Giarritta), si pongono le basi dell’attuale tessuto urbanistico, sociale e morale della comunità gioiosana.

Così, se al Natoli è da attribuire l’istituzione del primo asilo infantile, la sistemazione della Piazzetta delle Erbe (ora Piazza Mercato)e la sovrintendenza alla costruzione della linea ferrata (tra il 1890 e il 1892), a don Barbera si deve il completamento della Chiesa Matrice e il suo abbellimento (per esempio con lampadari provenienti dalle vetrerie di Murano) e al Prestipino Giarritta va dato merito dell’ampliamento del cimitero e, intorno al 1912, la costruzione di una terrazza che domina sul mare, il Canapè, tanto invidiata dalle cittadine del comprensorio. Con l’avvento dell’età fascista, lo spirito cittadino ebbe nuova linfa: s’inaugurò il monumento ai caduti della prima guerra mondiale (1925), la rete stradale si arricchì di strade larghe e regolari e, intanto, mentre fioriva un prezioso artigianato locale, ci si adoperò per ottenere la fornitura dell’energia elettrica.

Nonostante ciò, la condizione economica della stragrande maggioranza della popolazione sfiorava l’indigenza e, già da decenni, costringeva molti a emigrare, soprattutto negli Stati Uniti e in Sud America, tanto che compaiono, nei libri parrocchiali, atti rimessi da parroci d’oltreoceano. La guerra, a parte i bombardamenti del 1943 che interessarono tutta la cittadina e danneggiarono buona parte dei palazzi più eleganti, non causò gravi danni. Il paese rischiò di essere distrutto quando un milite tedesco sparò dalla sua postazione, in cima al campanile della matrice, contro un blindato dell’armata americana del generale Patton che avanzava da Torre Ciaule; poco dopo apparvero a largo delle coste alcune navi americane che presero a bombardare il paese per poi fermarsi e risparmiarlo.